Il Santuario fu fondato dalla Compagnia del SS. Sacramento. Intorno al 1602 fu completata la costruzione di un originario Oratorio sulla piazza XX Settembre, vicino alla Chiesa parrocchiale. Sull’altare era collocata l’antichissima e venerata immagine di Cristo Crocifisso, donata alla Compagnia dal sacerdote Don Battista Antonio Comelli nel 1543. Il 24 marzo 1737 si incominciò la costruzione di un Santuario, più grande, per dare più degna collocazione all’Immagine. I lavori durarono 4 anni e l’inaugurazione si tenne, con straordinario concorso di tutta la popolazione, il 4 maggio 1741. La Chiesa fu ornata di dipinti e di quadri, di suppellettili e di paramenti preziosi e fu da subito frequentata anche da tante persone provenienti da parrocchie vicine e dalla Diocesi di Bologna. Sul soffitto sono rilevanti otto medaglioni, quattro nella parte centrale e quattro nella parte corrispondente all’altare, che fungono da cornice ad affreschi monocromatici raffiguranti scene tratte dall’Antico Testamento e dalla Storia della Croce secondo la Leggenda Aurea di Jacopo da Varagine. Nel 1753 venne eretto anche un altare a destra, dedicato all’Immacolata Concezione, a spese del Co. Federico Calderini. Nel 1834 fu rinnovata la facciata; nel 1904 fu fatta la gradinata esterna in granito; fu allungata la Chiesa di 6 metri nella parte posteriore, ottenendo l’abside circolare e furono realizzate due scale per raggiungere l’Immagine del Crocifisso, sita in una nicchia rialzata; nel 1924 fu innalzato il pronao e vennero poste sopra questo 11 statue; quella centrale rappresenta Cristo Redentore.
Fin dal 1629 l’ Immagine del Crocifisso veniva portata in solenne processione nella quinta Domenica di Quaresima; nel 1792 Papa Pio VII donò un preziosissimo manto di seta per adornare l’Immagine in questa occasione. La tradizione di questa solenne processione viene mantenuta anche oggi.
Accanto alla Chiesa sorge il campanile, inaugurato il 6 aprile 1930. Esso è dotato di 55 campane, collegate con sistema meccanico ad una tastiera alla base del campanile stesso che permette di suonare musiche con i diversi toni delle campane.